生酛系（きもとけい）の酒母造りは現在大きく生酛（きもと）と山廃酛（やまはいもと）に分けられる。
生酛 [編集]
生酛（きもと）とは、現在でも用いられる中で最も古くから続く製法で、乳酸菌を空気中から取り込んで乳酸を作らせ、雑菌や野生酵母を駆逐するものである。酒母になるまでの所要期間は約1ヶ月。所要期間が長いのは、工程が多く手間がかかるのと、醗酵段階も完全醗酵させるからである。現在でも時間や労力がかかるので敬遠される傾向にあるが、成功すればしっかりとした酒質となるため、伝統の復活のために取り組んでいる酒蔵も増えてきている。主な工程は以下の通り。
米、麹、水を桶（タンク）に投入 > 山卸 > 温度管理 > 酵母添加 > 温度管理 > 酒母完成
しかし、腐造や酸敗のリスクが大きかったことから明治42年（1909年）に国立醸造試験所（現在の独立行政法人酒類総合研究所）によって山廃酛が開発された。次項参照。
山廃酛 [編集]
山廃酛（やまはいもと）とは、生酛系に属する仕込み方の一つで山卸廃止酛（やまおろしはいしもと）の略である。この方法で醸造した酒のことを 山廃仕込み（やまはいしこみ / -じこみ）あるいは単に山廃（やまはい）という。おおざっぱに言えば、生酛造りの工程から山卸を除いたものとなるが、単に山卸を省略したものではなく、関連するその他の細部の作業もいろいろ異なる。「山卸」とは米と麹と水を櫂で混ぜる作業のことで「酛すり」ともいう。詳しくは「山廃仕込み」「生酛・山廃・速醸酛の関係」参照。
速醸系 [編集]
速醸系（そくじょうけい）では、乳酸を人工的にあらかじめ加える、近代的な製法。明治43年（1910年）に考案された。仕込み水に醸造用の乳酸を加え、じゅうぶんに混ぜ合わせた上で、掛け米と麹を投入して行なわれる。速醸酛（そくじょうもと）とも呼ばれる。所要期間は約2週間。現在造られている日本酒のほとんどは、速醸系である。工程は以下のとおり。
米、麹、水、乳酸を混ぜる > 酵母添加 > 温度管理 > 酒母完成
醪造り [編集]
醪（もろみ）とは、仕込みに用いるタンクのなかで酒母、麹、蒸米が一体化した、白く濁って泡立ちのある粘度の高い液体のことであるが、学問的・専門的にではなく、あくまでも一般的理解のためという前提で補足すると、日本酒の製法という文脈に限っては、
「醪（もろみ）」＝「仕込み」＝「造り」
としてほぼ同意に使われることが多い。
したがってこの醪造りも、単に「造り」と呼ばれる。「一に麹、二に酛、三に造り」というときの「造り」はこれを意味している。またこの造りをおこなう場所を仕込み場（しこみば）という。現在の仕込み場は、たいてい温度センサーのとりつけられた3t仕込みタンクが並んでいる。
醪造りの工程においては、酵母のはたらきでもろみがアルコールを生成すると同時に、麹によってデンプンが糖に変わる。この同時並行的な変化が日本酒に特徴的な並行複発酵である。
また仕込むときに三回に分けて蒸米と麹を加える。これが室町時代の記録『御酒之日記』にもすでに記載されている段仕込みもしくは三段仕込みである。
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この方法により酵母が活性を失わずに発酵を進めるため、醪造りの最後にはアルコール度数20度を超えるアルコールが生成される。これは醸造酒としては稀に見る高いアルコール度数であり、日本酒ならではの特異な方法で、世界に誇れる技術的遺産といえる。
1回目を初添（はつぞえ 略称「添」）、踊りと呼ばれる中一日を空けて、2回目を仲添（なかぞえ 略称「仲」）、3回目を留添（とめぞえ 略称「留」）という。20 - 30日かけて発酵させる。
吟醸系（吟醸酒・大吟醸酒）と非吟醸系（それ以外の酒）は、この過程において以下の二つの点で造り方が分かれる。
精米歩合
精米は、米に含まれる蛋白質を取り除くために行われるが、生物の構成において蛋白質が重要である以上、精米歩合の高い麹米・掛米から造られた醪は、酵母が生きていくにはよい環境ではない。そのため、酵母はその環境で生存するために、それら自身がアミノ酸、クエン酸、リンゴ酸などの有機酸を生成する。これらの中で、揮発性のものが独特の吟醸香を構成する。米が削り込んであればあるほど、酵母は苦しんで、吟醸香を出す。
温度管理
酵母がブドウ糖からエネルギーを得るためにも、また酵母が自身にとって快適な生存環境を構築するためにも、熱が放出される。しかし、その熱は醪の中の化学成分、特に有機酸に影響を与えて、雑味となる成分を生成してしまう。また生物は、主な構成物質が蛋白質であるために、その大半は蛋白質の凝固温度の手前である35℃前後が活動に適した温度である。雑味を抑えるためには、発酵熱が放出されてもなお35℃を下回らなければならない。そのために、日本酒造りは冬の寒い時期に行われることになった。通常の造りは15℃前後に熱を抑えるのに対し、さらに有機酸への影響を多く考えなくてはならない吟醸系の場合は10℃前後が目安とされる。